Assurer l'exécution uniforme et complète de la législation fédérale est l'un des objectifs principaux de la surveillance. Or l'harmonisation de l'exécution est rendue difficile par le système fédéral suisse et le partage des compétences tout au long de la filière alimentaire. L'UFAL en tient compte puisqu'elle travaille sur mandat des trois offices fédéraux compétents et engage des spécialistes de toutes les étapes de la filière alimentaire.

Les programmes d'audit sont élaborés d'une part en fonction du plan de contrôle national et d'autre part en fonction des problématiques actuelles et pertinentes pour la filière alimentaire en Suisse et en Europe. La surveillance et les contrôles se pratiquent actuellement sous forme d'audit. A cet effet, l'UFAL questionne sur place les collaborateurs et collaboratrices des offices et, suivant le sujet de l'audit, accompagne les inspecteurs et inspectrices durant leurs inspections. Les constatations et les conclusions émanant de ces audits sont retenues dans un rapport. L'UFAL fait des recommandations lorsque des manquements sont constatés et elle exige au nom des offices fédéraux un plan d'action pour y remédier.

Le rapport final contiendra ensuite les résultats et les conclusions du programme. Celui-ci sera remis aux offices et services audités et servira également d'outil au législateur pour promouvoir l'harmonisation et développer le système d'exécution.