Nella vigilanza riguardante la legislazione nazionale ci si focalizza sull'applicazione uniforme e globale. L'uniformità nell'applicazione è resa difficile a causa della struttura federale della Svizzera e della suddivisione delle competenze lungo la filiera alimentare. L'UFAL tiene conto di questa realtà, infatti è attiva su mandato di tre Uffici federali e dispone di conoscenze professionali in tutti i settori lungo la catena alimentare.

I programmi di audit si basano sul piano nazionale di controllo e su aspetti attuali e rilevanti a livello europeo riguardanti la filiera alimentare. Attualmente l'UFAL attua il suo mandato di sorveglianza e di controllo mediante audit. L'UFAL interroga le autorità competenti in loco e accompagna, a seconda del programma di audit, gli ispettori sul campo durante i loro controlli. Viene redatto un rapporto con tutte le costatazioni. Nel caso di non conformità nell'esecuzione delle autorità competenti, l'UFAL raccomanda le azioni correttive necessarie e, a nome degli Uffici federali preposti, richiede un piano d'azione all'autorità competente.

I risultati e le considerazioni dei programmi di audit confluiscono in un resoconto finale e globale. Il resoconto finale servirà sia al legislatore per l'armonizzazione e lo sviluppo del sistema di esecuzione della legislazione sia ai servizi oggetto di audit.