In der Schweiz werden Zoonosen seit Jahrzehnten in den Tierbeständen bekämpft. So konnten klassische Infektionen wie die Tuberkulose, die Brucellose, der Milzbrand oder die Tollwut ausgerottet werden. Die häufigsten Zoonoseerkrankungen beim Menschen sind heute in der Schweiz die Campylobacteriose und die Salmonellose. Beides sind Durchfallerreger (Salmonellen und Campylobacter), sie werden meist mit den Lebensmitteln aufgenommen. Ihre Bekämpfung in den Tierbeständen ist nicht einfach, da diese Bakterien die Tiere zwar infizieren aber nicht sichtbar krank machen. Sie werden daher auch als latente Zoonosen bezeichnet. Weitere latente Zoonosen von Bedeutung sind Listerien und Yersinien.

Seit einigen Jahren treten neue Erreger als sogenannte "emerging zoonoses" auf. So haben die Ausbrüche von SARS (ausgehend von Asien) oder West Nile Virus (in den USA), die in den letzten Jahren vom Tier auf den Menschen übergingen, für neuartige Epidemien gesorgt.

Auch bekannte Erreger können aufgrund neu erworbener Eigenschaften vermehrt gravierende Erkrankungen verursachen. Von Bedeutung sind enteropathogene Escherichia coli Stämme, sogenannte EHEC oder STEC. Diese pathogenen Stämme des sonst harmlosen Fäkalindikators E. coli habe in den letzten Jahren vermehrt zum gefürchteten hämolytischen urämischen Syndrom (HUS) beim Menschen geführt. Weiteres Gefahrenpotential für den Menschen sind multiresistente Keime wie Salmonella Thyphimurim DT104 oder neue Stämme der Grippeviren, die im Geflügel oder in den Schweinen entstehen und gegen die der Mensch empfindlich ist.

Das Bundesamt für Veterinärwesen ist zusammen mit anderen Bundesämtern und kantonalen Stellen für der Zoonosenüberwachung und –bekämpfung zuständig. Ziel ist es, die Bevölkerung durch geeignete Massnahmen zu schützen. Das BVET hat zu diesem Zweck die "Arbeitsgruppe Zoonosen" ins Leben gerufen, in der Fachleute und Experten aus allen Gebieten wirkungsvoll zusammenarbeiten.