Grâce à la caractérisation génétique, les chercheurs testent ensuite si la modification génétique correspond bien aux attentes. Ce processus est lui aussi strictement réglementé pour éviter des contraintes inutiles à l'animal.

Les nouveaux animaux génétiquement modifiés ou les lignées qui semblent présenter des caractéristiques invalidantes subissent une observation détaillée, la caractérisation phénotypique. Les chercheurs font des tests de comportements, examinent l'anatomie des animaux, recherchent d'éventuelles pathologies ou des problèmes de reproduction. Les contraintes doivent être signalées à l'office vétérinaire cantonal qui décide avec la commission cantonale pour l'expérimentation animale si la lignée peut être utilisée et sous quelles conditions. La dignité de l'animal est aussi prise en considération.